1948年底，解放战争胜利在即，国民政府令故宫博物院挑选贵重文物以军舰转运台湾。原故宫博物院文物分3批运走2972箱。一起运台的还有中央博物院筹备处文物852箱及其他单位文物。文物运台后，先存台中市，租借台中市糖厂仓库存放。1950年4月，台中郊外雾峰乡吉峰村仓库落成，运台文物随即迁入新库存贮。1957年，在亚洲协会赞助下，在库房之外又建一小型陈列室，公开展览所藏文物。　　

    1965年，在现址建成新馆，坐落在台湾省台北市士林区外双溪，建筑设计吸收了中国传统的宫殿建筑形式，淡蓝色的琉璃瓦屋顶覆盖着米黄色墙壁，洁白的白石栏杆环绕在青石基台之上，风格清丽典雅。新址为纪念孙中山先生百岁诞辰，命名为中山博物院。台湾当局“行政院”公布了《国立故宫博物院临时组织规程》，规定设置“国立”故宫博物院，“中央博物院筹备处”文物由故宫博物院保管使用，将来国家统一后，迁台文物仍交回原博物院。　　

　　中央博物院归并故宫博物院后，故宫博物院全部文物由台中运至台北中山博物院，以此作为院址，1965年11月12日正式开幕。至此，运台文物才得到一个适当的保存环境。运台文物主要为书画、铜器、瓷器、玉器、漆器、珐琅、雕刻、文具、图书、文献及其他工艺品，初为230863件，中央博物院并入后，增至242592件。连同整理后的档案30余万件及受赠、收购1万余件，目前共有60万件。

  　在台北故宫博物院收藏的珍品中，有甲骨档案2万多片，该院收藏的甲骨档案数量列世界甲骨收藏机构的第二位；瓷器2万多件，包括原始陶器到明清瓷器，该院的中国古代瓷器是全世界各博物馆中最精、最多的；铜器1万多件，包括历代钱币，其中有商周到春秋战国时期的青铜器4300多件，如商代蟠龙纹盘、兽面纹壶、西周毛公鼎、战国牺尊等；玉器5万多件，其中有著名的新石器时代的玉璧、玉圭、玉璜以及闻名海内外的清代玉雕“翠玉白菜”、“避邪雕刻”、“三镶玉如意”等；书画真迹近1万件，其中有从唐至清历代名家的代表作，如三稀之一的王羲之《快雪时晴帖》，黄公望的《富春山居图》后部长卷，怀素的《自叙帖》，颜真卿的《刘中使帖》，苏东坡的《寒食帖》等；善本古籍有近2万册，包括中国仅有四部的《四库全书》较完整的一部；明清档案文献近40万件，其中有清朝历代皇帝（石＋朱）批奏折、军机处档案、清史馆档、实录、起居注等，以及世界罕见的满文老档40巨册。